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L'église Saint Just fut bâtie entre le XIIIe et le XVe siècle avec des pierres provenant des anciennes carrières de Saint-Hilaire. 

Son puissant clocher, recouvert de tuiles vernissées, orné de "cornes tumulaires" à chacun de ses angles, attire immanquablement le regard du promeneur. Au pied de l'édifice, une impression de force confirme la majesté du monument. Son remarquable toit de laves contribue à cette impression. D'ailleurs, en entrant dans l'église on comprend mieux ce que disait Claude Courtépée à la fin du XVIIIème siècle dans sa description du Duché de Bourgogne: " Le vaisseau de l'église est grand et bien bâti". La plus ancienne mention d'une église en ce lieu, date de 1180: " ecclesia de fontania". 

De style roman cistercien, l'église, dont le fond du chœur est à cette époque droit, est protégée par des remparts. Certains anciens Fontenois appellent encore ce quartier: " Le château". Partiellement détruite par les Grandes Compagnies peu après le traité de Brétigny en 1360, l'église est progressivement reconstruite sous un style gothique jusqu'au début du XVème siècle. La dernière modification est menée par l'architecte ZOLLA en 1827 en agrandissant le chœur en abside néogothique.

Le clocher de l'église abrite trois cloches dont la plus ancienne datant de 1515 est classée monument historique. Une statue en bois polychrome du XVIIIème siècle est inscrite au titre des monuments historiques. Guillaume Bonnet, Jean Baptiste Ravet, Antoine Chausse, François Protheau ont signé, au cours du XIXème siècle les autels, fonts baptismaux et sculptures. Les plus anciens vitraux datent de 1863 et sont attribués à Gaspard Poncet de l'école d'Hippolyte Flandrin.

Mais l'église réserve encore des surprises. Ainsi, la dégradation de l'enduit du chœur nous révèle des peintures datant du XIIIème siècle. Par ailleurs, les fouilles effectuées par l'INRAP dans le cadre de la restauration générale du bâtiment, ont permis de découvrir nombre de sépultures de l'époque médiévale, ainsi qu'un sarcophage mérovingien du VIème ou VIIème siècle, ce qui rend ainsi plus ancien encore l'usage funéraire du lieu.